基本農田保護區劃定的程序包括編制總體規劃、劃區定界、設立保護標志、建立檔案、驗收確認等方面。
　　1.編制總體規劃，確定保護方案。劃定基本農田保護區的依據是土地利用總體規劃。
　　2.劃區定界，編繪基本農田保護區圖。基本農田保護區以鄉（鎮）為單位劃區定界，由縣級人民政府土地行政主管部門會同同級農業行政主管部門組織實施。
　　3.設立標志。劃定的基本農田保護區，由縣級人民政府設立保護標志，予以公告。任何單位和個人不得破壞或者擅自改變基本農田保護區的保護標志。
　　4.建立檔案。由縣級人民政府土地行政主管部門建立檔案，并抄送同級農業行政主管部門。
　　5.驗收確認。基本農田劃區定界后，由省、自治區、直轄市人民政府組織土地行政主管部門和農業行政主管部門驗收確認，或者由省、自治區人民政府授權設區的市、自治州人民政府組織土地行政主管部門和農業行政主管部門驗收確認。